1994年，187名全国人大代表提出6件修改《药品管理法》的议案，1995年有2件修改议案，1997年又有64名人大代表提出修改这部法律的议案。1994年7月，第38次总理办公会提出对《药品管理法》进行修改，当时明确由卫生部牵头，其他部门协助。会后，卫生部、国家医药管理局、国家中医药管理局都开展了调查研究、收集资料等基础工作，并形成了《药品管理法》（修订草案第一稿）。但由于当时的历史条件，难以处理法律修改过程中所涉及的体制问题，修订进展也较为缓慢。

1998年开始的药品监督管理体制改革，所依据的是“三定”方案而非成文的法律，这很难让行政相对人和相关部门对此信服。国家药品监督管理局成立伊始，于1998年9月向国务院递交了《关于药品监督管理的法律、行政法规执法主体变更的紧急请示》，而国务院法制办在《对〈关于药品监督管理的法律、行政法规执法主体变更的紧急请示〉的复函》中，指出“三定”中已明确国家药品监督管理局行使《药品管理法》等法律、行政法规规定的药品监督管理职能，根据《宪法》第89条第3项国务院可以“规定各部和各委员会的任务和职责”的职权，“国家药品监管局可以依据‘三定’规定，履行药品监督管理职责”，并提出在《药品管理法》修改中将执法主体改变，同时明确在地方新的药品监督管理机构组建之前，执法主体暂时不做改变。

随即，1998年10月和11月，国家药品监督管理局向全国人大和全国政协汇报了《药品管理法》修改工作思路，1998年11月制定了修改《药品管理法》工作方案，并于1998年12月上旬成立了修改工作领导小组，组建了由国家药品监督管理局和部分省级医药、药政部门人员组成的修改工作小组。在修改过程中，广泛征求了各界意见，仅对从1998年12月至1999年5月的不完全统计，共召集座谈会39次， 836人次参加了会议，整理讨论意见近千条。国家药品监督管理局先后于1998年12月上旬、1999年1月中旬、1999年2月形成《药品管理法》修订草案第二稿、第三稿、第四稿，1999年4月形成《药品管理法》修订草案第六稿送交局务会议讨论，1999年6月底送交国务院法制办（修订送审稿），《国务院1999立法工作安排》中也专门提到抓紧起草《药品管理法》（修订草案），“条件成熟时，适时提请全国人大常委会审议”。